ミニママさんこんにちは。
私がミニママさんのご指摘を誤解しているかもしれませんがあしからず。

ツリー表示だと、新しいレスの入る位置が、どの記事に返信したかによって変わってきます。
たとえば
１
└２
　└３
└４

という順番だと２は１への返信で、３は２への返信、４は１への返信なわけです。ここで５番目の投稿を２に対しておこなうと
１
└２
　└３
　└５
└４
という表示形式になります。
これは表示順のソートに左右されません。
ですので、新しい投稿だけを読みたい場合など、発言順が知りたい時は「フラット表示」のほうが便利でしょう。
話題が分かれていって議論の流れを確認したいときはツリー表示が便利です。